ARTICLE
TITLE

Sekuen DNA Parsial Dari Gen GAPDH Pada Sirsak (Annona muricata L.)

SUMMARY

AbstrakGen glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) merupakan salah satu gen referensi yang sering bertindak sebagai kontrol internal pada analisis ekspresi gen di beberapa spesies tumbuhan. Penelitian ini bertujuan menganalisis sekuen gen GAPDH parsial pada sirsak (Annona muricata L.). Metode meliputi persiapan sampel tanaman, isolasi DNA total menggunakan Genomic DNA mini kit Plant (Geneaid), amplifikasi gen GAPDH dengan teknik polymerase chain reaction (PCR), elektroforesis pada 1% gel agarose dan analisis data sekuen DNA. Studi ini telah memperoleh sekuen DNA dari gen GAPDH parsial sirsak sepanjang 961 pb. Sekuen tersebut memiliki kemiripan sekitar 68,93–84,35% dengan sekuen mRNA gen GAPDH pada beberapa spesies tumbuhan. Sekuen ini diprediksi terdiri dari 5 ekson dan 4 intron. Total ekson diprediksi terdiri dari 429 pb. Sekuen ini adalah yang pertama kali dilaporkan dari genus Annona dan juga dari famili Annonaceae. Sekuen ini dapat dimanfaatkan untuk analisis ekspresi gen pada sirsak dan dapat menjadi dasar untuk mengisolasi gen GAPDH spesies lain di dalam genus Annona dan famili Annonaceae. Abstract GAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) gene is one of reference genes that is frequently became an internal control in any plant species. This study reports a DNA sequence of parsial GAPDH gene on soursop (Annona muricata L.). Methods included sample preparation, total DNA isolation using Genomic DNA mini kit Plant (Geneaid), amplification of GAPDH gene using PCR (polymerase chain reaction) technique, electrophoresis using 1% agarose gel and data analysis. This study had been obtained the DNA sequence of soursop partial GAPDH gene sizing 961 bp. The sequence had 68.93–84.35% similarity to GAPDH mRNA of some plants species. The soursop partial GAPDH gene was predicted consisting of 5 exons and 4 introns. The total exons length was 429 bp. The sequence is the first reported from Annona genus and also Annonaceae family. The sequence can be used for gene expression in soursop and also can be used to isolate GAPDH gene of other species in Annona genus and Annonaceae family.

 Articles related

Nery Sofiyanti,Mayta Novaliza Isda    

Moss club (Lycopodiella cernua) is one of fern members distributed in Riau Province. The aimed of this study were to characterized the morphological characters and to analized its DNA sequence based on rbcl primer. Samples were collected from the field, ... see more


Fadel Nugraha,Dewi Indriyani Roslim,Yolla Putri Ardilla,Herman -    

Ion Fe bebas sangat beracun bagi tanaman, karena dapat membentuk radikal bebas di dalam sel. Walaupun demikian, tanaman memiliki mekanisme untuk mempertahankan homeostasis Fe di dalam sel yang melibatkan protein ferritin. Penelitian ini bertujuan untuk m... see more


Dewi Ayu Lestari,Rodiyati Azrianingsih,H. Hendrian    

Annonaceae species of Purwodadi Botanic Garden collections from East Java encountered problems in species identification based on morphological characters. In addition, the unavailability of molecular data to support identification based on morphological... see more


Tirta Setiawan, Laksmi Ambarsari, Tony Ibnu Sumaryada    

ABSTRAK: DNA topoisomerase II (Top2) adalah enzim penting yang menangani permasalahan topologi pada DNA. Terdapat dua jenis Top2 pada manusia yaitu Top2A dan Top2B. Top2A diekspresikan pada sel yang aktif membelah seperti sel kanker sedangkan Top2B dieks... see more

Revista: Cakra Kimia

Luh Vida Sasmitha, Putu Sanna Yustiantara, Sagung Chandra Yowani    

ABSTRAK: Penelitian ini bertujuan untuk mendesain DNA primer yang digunakan untuk mengamplifikasi gen gyrA dengan metode PCR. Gen gyrA bertanggung jawab dalam resistensi fluorokuinolon yang merupakan inti regimen dari MDR-TB. Resistensi fluorokuinolon me... see more

Revista: Cakra Kimia