SUMMARY
Se presentan las variaciones estacionales y los cambios interanuales (2006-2019) de la comunidad de fitoplancton, relacionados con las variaciones en la calidad del agua y la descarga del río, en la parte inferior del río Uruguay, en América del Sur. En total, se identificaron 422 taxones de microalgas y cianobacterias; cryptomonas, cianobacterias y diatomeas fueron los grupos más importantes. Aunque los nanoflagelados y las cryptomonas estuvieron siempre presentes en el plancton, se encontraron diferencias estadísticas en los ensambles estacionales del fitoplancton. Según el análisis de similitud (SIMPER), fueron identificadas las especies típicas para cada estación. Para el invierno, Aulacoseira spp.; para la primavera, Dolichospermum uruguayense, Durinskia baltica y Ankistrodesmus arcuatus; para el verano, Microcystis aeruginosa, M. wesenbergii, Dolichospermum uruguayense y D. circinale; y para el otoño, Ceratium cf. furcoides, A. arcuatus, Raphidiopsis y Jaaginema sp. En condiciones lénticas del río (< 2000 m3 s-1) y por encima de los 22ºC se registraron altas biomasas debido a las floraciones de Microcystis y Dolichospermum. En 2010, M. panniformis alcanzó los 10.4 µg l-1 de microcistina-LR. Raphidiopsis mediterranea y R. raciborskii comenzaron a registrarse en la primavera de 2009 y de 2014, respectivamente, alcanzando las 1041 cel ml-1 en la primavera de 2017. Los principales factores que regulan la biomasa del fitoplancton son el caudal, la transparencia y la temperatura. En verano, cuando el río Uruguay se encuentra en bajas condiciones de caudal, las cianobacterias permanecen en el río. Si el caudal aumenta, son transportadas aguas abajo, pudiendo alcanzar el estuario del Río de la Plata, afectando sus playas.